肯尼亚有三个部门涉及转基因作物的安全性管理：国家科学技术委员会(NCST)，国家安全委员会，以及肯尼亚植物健康检查署(KEPHIS)。NCST在政策层次上向政府提供现代技术应用的建议。国家安全委员会制订生物安全技术指南，管理转基因作物的应用，发放田间试验许可证。KEPHIS发放进口许可证，并参与转基因生物试验的田间监测。